小智與皮卡丘、艾莉絲、天桐一行人正搭乘火車前往洛祥的旅途中，在行經山區時發現一隻從未見過的神奇寶貝，但牠卻受了傷一動也不動，其實牠正是被稱為三位聖劍士的後繼者，夢幻的神奇寶貝‧凱路迪歐。

就在此時，最強的龍系神奇寶貝酋雷姆突然來襲！面對能變換成焰白酋雷姆與闇黑酋雷姆兩種型態，並擁有壓倒性力量的酋雷姆，小智一行人千鈞一髮逃過酋雷姆的追擊。

凱路迪歐無視三位聖劍士的忠告，執意要向酋雷姆挑戰。然而見識到酋雷姆的強大力量之後，凱路迪歐在無比恐懼之下逃走了！三位聖劍士為了要救凱路迪歐，不小心被酋雷姆的攻擊冰凍了起來。

為了救出同伴再度振作起來的凱路迪歐，以及在一旁鼓勵的小智一行人，他們能否平安度過這次的危機呢？為了拯救同伴，真實的力量、誠摯的勇氣以及小智一行人的友情，將喚起凱路迪歐未知的力量！

同時上映短篇作品《美洛耶塔的閃亮音樂會》

夢幻的神奇寶貝美洛耶塔的音樂會就要開始囉！正當皮卡丘沉浸在優雅的舞蹈與美妙的旋律中，突然出現的沙塵暴將旋律莓果給吹走了，這樣下去音樂會就要被終止了，於是神奇寶貝們加入尋找旋律莓果的行列。